Debido a diversas irregularidades en el reporte de votos (actas de escrutinio y cómputo) al Programa de Resultados Preliminares (PREP), alrededor del 54% de las casillas totales del país (de un total de 143112) serán contadas, voto por voto, en cada uno de los 300 distritos electorales del país para dar certidumbre a la elección y que cada voto de cada ciudadano se respete.
Sin embargo, muchas de las irregularidades detectadas, tal como que muchas actas reportan más votos de los que recibieron del IFE o una participación irreal (más del 80%), bien pudieron haber sido no intencionales y se subsanarán con el conteo de votos que arrancó el día de hoy.
Los principales de Andres Manuel López Obrador para impugnar la elección es la compra de votos del PRI, la inequidad en los medios y el uso de cargos de funcionarios públicos para promover candidaturas priístas; si bien todos tienen evidencias sólidas y son graves, se ve muy difícil que el Tribunal Electoral del Poder Judicial de la Federación quite un solo voto a Peña Nieto por causa de estas denuncias y mucho menos se ve posible que anulen la elección o que den como ganador a AMLO.
A continuación el resultado de los cómputos distritales de la Elección de Presidente de México 2012:
| TOTAL NACIONAL | Casillas aprobadas | Casillas instaladas | Casillas con paquetes recibidos | *Casillas para recontar |  |  |  |  | Candidatos no registrados | Votos Nulos | Total |
| 143437 | 143435 | 143420 | 133664 | 11871586 | 17935668 | 14688809 | 1065394 | 19304 | 1150812 | 46731573 | |
| 93.19% | 25.40% | 38.38% | 31.43% | 2.28% | .04% | 2.46% | 100.00% |
*De las casillas seleccionadas para recuento, corresponde el porcentaje mostrado en la tabla, más no corresponde al total de todos los votos de la elección.
